Zaradi neposredne vojne nevarnosti so imeli učenci leta 1941 kar tritedenske velikonočne počitnice. Po počitnicah je pouk zaradi pogostih vojaških blokad potekal neredno. Šolske prostore je konec aprila 1942 zasedla italijanska vojska. Prulski učenci so zato v naslednji polovici leta pouk obiskovali na II. deški ljudski šoli, potem pa so se vrnili v domačo stavbo. Italijanske oblasti so na šoli organizirale mladinsko organizacijo GILL (Italijanska ljubljanska liktorska mladina). Italijanščino so poučevali fakultativno. Tik pred kapitulacijo, avgusta 1943, je mestno županstvo z gradu v šolo preselilo 14 družin, tako da je bil pouk mogoč le še v treh prostorih.

Po kapitulaciji Italije je v Ljubljano prišla nemška vojska, ki je novembra 1944 zasedla tudi šolsko poslopje na Prulah. Vso šolsko opremo so spravili v telovadnico, učenci pa so pouk obiskovali na različnih nadomestnih lokacijah. Šolsko poslopje je vojno prestalo nepoškodovano, povsem uničen pa je bil šolski vrt.

   Na številski trak                  Nova Jugoslavija